La función académica de la Universidad está organizada por Departamentos. Estos son las grandes unidades de docencia e investigación. Cada departamento agrupa disciplinas afines y provee del cuerpo docente a las distintas carreras.

El criterio aplicado es superador de una tradición universitaria apoyada en la conformación por facultades. En efecto, la estructura departamental simplifica la cadena escalar, muy horizontal y compleja en el sistema arraigado, que demora las decisiones, y contribuye a restarle fuerza a la acción ejecutiva y de organización, incentiva el aislamiento y debilita el poder.